Institutionen för medicinska vetenskaper

Klinisk mikrobiologi

Klinisk Mikrobiolog består av flera oberoende forskargrupper som arbetar med olika patogener, både bakterier som Kampylobacter och Klamydia, och virus som retrovirus and Hepatit C virus. Målen är att förstå hur dessa patogener sprids, hur de orsakar sjukdom, och att förbättra detektion, terapi och preventiva åtgärder.

Kampylobakter

Chlamydia trachomatis i prov från livmoderhals
Foto: Björn Herrmann

Kampylobakter är den vanligaste sjukdomsframkallande (patogena) gastro-intestinala bakterien och den zoonos (sjukdom som smittar mellan människa och djur) som är mest rapporterad inom EU. Även om Kampylobakter medför stora samhälliga och ekonomiska kostnader så är mycket okänt kring hur den orsakar sjukdom. Kampylobakter finns i den normala tarmfloran hos många djur, och kycklingprodukter tros orsaka flertalet kampylobakter-infektioner hos människa.

Mycket är forfarande okänt om vad det är som avgör hur en infektion med Kampylobakter utvecklas. Vi vet dock att vissa isolat av Kampylobakter orsakar en mer allvarlig sjukdom liksom att infekterade individer drabbas olika, t ex beträffande följdsjukdomar. För att förstå hur Kampylobakter kan orsaka sjukdom  studerar vi därför egenskaper hos både bakterien och människa.

Bakterier sedda genom
mikroskop.
Foto:
U. Salvagnin, CC licens

Detektion och analys av patogener
Tidig och snabb detektion av sjukdomsframkallande mikroorganismer är viktigt för att kunna bekämpa infektioner orsakade av bakterier, virus eller svampar. Eftersom en behandling måste anpassas till typ av patogen vore det mycket värdefullt om vanliga patogener kunde detekteras samtidigt i samma prov, så kallad multiplex-test. Vår målsättning är därför att utveckla diagnostiska test för samtidig analys av både bakterier, virus och svampar. Vi utvecklar också nya bioinformatiska metoder för att detektera och analysera DNA/RNA från virus, och försöker hitta patogener som är involverade i kroniskt trötthetssyndrom (myalgisk encefalomyelit). För mer information, se sida om professor emiritus Jonas Blomberg.

Antiviral behandling och resistens
Hepatit C virus utgör ett globalt hälsoproblem eftersom det ofta orsakar bestående, kroniska, leverinfektioner vilka kan leda till skrumplever (levercirros) och levercancer. Nya läkemedel, som verkar direkt på viruset, har på senare tid kommit, men resistensutveckling mot dessa läkemedel förkommer.

För att bättre förstå hur viruset kan utveckla resistens undersöker vi hur vanligt förekommande resistens mot nya Hepatit C-läkemedel är hos obehandlade patienter. Vi analyserar resistensgivande mutationer hos viruset genom sekvensering av virus-RNA och genomför en nordisk multicenterstudie. Vid sidan av forskning kring Hepatit C-virus studerar vi resistensmekanismer hos HIV, samt utvecklar nya metoder för att hitta möjliga läkemedel mot Zika- och och TBE-virus. Kontakta Johan Lennerstrand för  mer information.

Clamydia Trachtometis. Foto:
V. Brinkman, CC licens

Klamydia
Chlamydia trachomatis är globalt sett den vanligaste av sexuellt överförda infektioner och ger upphov till komplikationer med infertilitet som slutpunkt. Forskningsgruppen har utvecklat ett högupplösande typningssystem som möjliggör epidemiologiska undersökningar av hur spridning sker i sexuella nätverk och populationer. Epidemiologi och prevention av klamydia i ett internationellt folkhälsoperspektiv är också en forskningsinriktning.
Chlamydia psittaci är definierad som en högrisk-patogen som orsakar dödliga luftvägsinfektioner, men spridningen från vilda fåglar till människor är dåligt känd. C. psittaci-infektioner hos fåglar och deras roll vid zoonotiska infektioner ingår som ett forskningsområde. Detektion och identifiering av andra bakterier som orsakar luftvägsinfektioner är ytterligare en forskningsinriktning.

Infektionsprevention
Vi arbetar inom flera projekt som har som mål att förhindra infektioner. I ett stort samarbetsprojekt,”the Baltic Antibiotic Collaboration Network”, ligger fokus på diagnostik och övervakning av antibiotikaresistenta bakterier, infektions-prevention och antibiotika-användning. I ett annat projekt, en multcenterstudie tillsammans med Lars Engstrand (Karolinska Institutet) och Gunilla Hamberg (Akademiska sjukhuset), undersöker vi bakteriefloran i operationssalar i samband med kejsarsnitt, och dess betydelse för normalfloran hos de förlösta barnen.

Pågående projekt

Projekt

Campylobacter

Campylobacter är den vanligaste bakteriella orsaken till magsjuka och diarréer i västvärlden. Varje år rapporteras omkring 200 000 fall inom EU, men man beräknar att upp till 20 miljoner människor drabbas varje år, vilket tros kosta samhället 2,4 miljarder euro. Campylobacter är en vanlig tarmbakterie hos många djur och de vanligaste smittvägarna till människa är via kontaminerade råvaror, främst kycklingkött och vatten.

Trots att Campylobactersjukdomar har studerats i många år, saknas fortfarande viktig information om samspelet mellan bakterie och människa och hur och varför bakterien orsakar sjukdom hos människan. Vår forskningsstrategi har tre viktiga hörnstenar: 1) studier av bakteriella faktorer, 2) studier av mänskliga faktorer och 3) studier av samverkan mellan bakterier och mänskliga celler på molekylär nivå i olika modellsystem. Vi har studerat många Campylobacterisolat vars arvsmassa vi redan analyserat eller kommer att karaktärisera med hjälp av storskalig sekvensanalys. Dessa fynd kommer sedan följas upp med mer detaljerade studier på specifika gener och molekylära mekanismer som är viktiga för infektionen. När det gäller mänskliga faktorer vill vi först och främst studera betydelsen av de bakterier som ingår i vår normala bakterieflora i tarmen. Vi har varit först med att visa att tarmflorans komposition har betydelse för det hur motståndskraftiga vi är mot Campylobacterinfektion. Slutligen vill vi identifiera vilka molekylära mekanismer som avgör sjukdomsbilden för en Campylobacterinfektion, genom att studera både hur bakterien binder sig till och tar sig in i värdceller i tarmen. Dessa interaktioner aktiverar individuella signalkomponenter i cellerna, vilket påverkar infektionens svårighet. Dessa studier kommer att lära oss om hur och varför Campylobacter gör oss sjuka, samt vilka bakteriestammar som väntas orsaka svår sjukdom och vilka patienter som riskerar att utveckla svår sjukdom och följdsjukdomar. Kunskapen från dessa studier kommer ge oss viktiga ledtrådar för förebyggande åtgärder och behandlingsstrategier.

Chlamydiainfektioner hos människor och fåglar

Björn Herrmann, Hilde Riedel, Jenny Isaksson, Guma Abdeldaim.

Identifiering av framgångsfaktorer för spridning av klamydiainfektioner
Studier med det genotypningssystem som gruppen utvecklat har visat att vissa genotyper dominerar i många länder. Ett pågående projekt utökar typningen till analys av hela genomsekvenser med målet att identifiera faktorer som leder till den framgångsrika spridningen av vissa genotyper.

Utveckling av prognostiska markörer för klamydia-associerad infertilitet
Chlamydia trachomatis orsakar utomkvedshavandeskap och infertilitet. Till skillnad från den mesta forskningen i detta forskningsfält så fokuserar detta projekt på genetisk polymorfier hos kvinnor. Målet med projektet är att utveckla ett diagnostiskt test som identifierar individer med förhöjd risk för infertilitet. Projektet ingår inom ramen för ett europeiskt konsortium.

Spridningen av Chlamydia psittaci.
Chlamydia psittaci är en högrisk-patogen, men kunskapen om överföringsrisken från vilda fåglar till människor är dålig. Detta projekt undersöker förekomsten av C. psittaci i olika fågelpopulationer och relaterar det till risken för överföring till människor. Genetisk karakterisering kan förklara varför vissa utbrott har orsakat hög mortalitet hos människor, medan flertalet infektioner verkar orsaka mild sjukdom.

Se också sida med engelsk text för fler utförliga projektbeskrivningar.