Hel trancriptom analys

Ibland kan viktiga uttrycksförändringar, såsom differentiell exonanvändning till följd av alternativa splitsningshändelser, maskeras vid profilering på gennivå. Då behövs en hel transkriptoms profilering som gör möjlig att detektera inte bara uttrycksnivån, utan också exakt vad som uttrycks, inklusive alternativa isoformer eller genomiska borttagningar. Denna upplösning är inte möjlig med de klassiska 3'-baserade mikroarrays. Den har array typ  förmåga också att detektera alternativa skarvhändelser av kodning och långt icke-kodande (lnc) RNA. Alla dessa på ett mycket snabbt sätt: ett tre dagars experiment!

Kontakta oss för mer information!

Om provkrav

  • Expression arrays är tillgängliga för många organismer.
  • Prover för dessa array måste mätas i Nanodrop. Ni kan skicka oss koncentrationerna och OD 260/230 och 260/280 så vi kan bestämma rätt protokoll.
  • RNA måste kontrolleras för dess integritet så det är råd att köra på Bioanalyzer och ha en RIN> 7.0 (finns att köpa).
  • två olika hybridiseringsprotokoll beroende på provtyp:
    • färsk fryst vävnad: 250 ng / körning
    • låga mängder RNA- eller FFPE-prover: 0,1-10 ng
  • Vi rekommenderar att skicka dubbelt RNA belopp, vid omprövningar.

Om du vill se om detta är ett alternativ för dig är du välkommen att kontakta oss via kontaktformuläret.

Kontakta oss!

Extraktionsmetod

Du kan välja vilken extraktionsmetod som helst för nukleinsyror som fungerar bra med dina prover så länge slutprodukten är ren DNA eller RNA. Vår erfarenhet är att "column-based" metoder (t.ex. Qiagen RNeasy eller DNeasy) fungerar bäst för de flesta prover. För Trizol prover rekommenderar vi ett efterföljande reningssteg på en kolumn för att avlägsna förorenande ämnen. Om du vill kan vi genomföra den här reningen.

Mer information om provberedning, beställning och överlämnande av biologiskt material till vår anläggning finns här.

Om ni har fler frågor, tveka inte att fråga oss!

Fråga oss!


Senast uppdaterad: 2021-06-03